Хөвсгөл нуур нь газар хөдлөлт, хагарлын хүчин зүйлийн нөлөөгөөр үүссэн, хойноосоо урагш сунаж тогтсон өндөр уулын бүсэд багтах цэвэр тунгалаг уст нуур юм. Хөвсгөл нуурыг судалсан эрдэмтэд 7-8 сая жилийн настай гэж үздэг. Тунгалгаараа дэлхийд гуравдугаарт, нуурын мандлын талбайн хэмжээгээр Азид аравдугаарт, дэлхийд 14-т, Монголдоо Увс нуурын дараа, гүнээрээ Азид дөрөвт, цэвэр усны нөөцөөрөө Монголд нэгдүгээрт ордог.

Хөвсгөл нуурын ёроол хад асга ихтэй, ус нь гадагш ганц урсгалтай, солилцоо бага, хүйтэн устай, усны бичил биетэн ургамал амьтны өсөн үржих нь удаан зэргээс болж нуурын ус өөрийгөө цэвэршүүлэх нь удаан юм.

Хөвсгөл нуур 500 жилд нэг удаа усаа цэвэршүүлэх зүй тогтолтой бөгөөд нуурт 48 гол цутгаж ганц Эгийн гол эх аван урсдаг. Хөвсгөл нуурыг дээрээс нь харахад хөх баавгай шиг харагддаг.